Всем известная обитель и музейный комплекс Новый Иерусалим был построен в XVI веке, на насыпном холме, патриархом Никоном. По замыслу, он должен был копировать сооружения Святой Земли (и называться Новый Иерусалим), а главный собор - храм Гроба Господня в Иерусалиме. Монастырская стена была построена как мощное оборонительное сооружение (правда, не осаждалась), крепостные башни получили палестинские названия. Речка Истра была названа рекой Иордан.
Если выйти за стены монастыря в сторону р. Истры, обнаруживается четырехэтажное розовое здание - скит Патриарха Никона (1658г), где он прожил шесть лет. Место, где он стоит, называлось Гефсиманским садом, и стояло как бы на отдельном острове, отделенное протоками Истры. На самой Истре устроена купальня, здесь же находится родник со святой водой.
В 1723 году каменный шатер, или главный купол над ротондой Святого Гроба, внезапно обвалился внутрь церкви, а приключившийся вскоре пожар привел церковь в запустение.
Спустя 26 лет императрица Елизавета распорядилась возобновить церковь, назначив архитектором графа Растрелли.
В 1919 году монастырь был закрыт, а в 20-м году здесь открывается Историко-архитектурный и художественный музей - один из крупнейших музеев Подмосковья.
В 1941 коллекции музея были разграблены немцами. При отступлении они разрушили большую часть комплекса. Восстановление началось сразу после его освобождения.
В 1995 году после 75 - летнего перерыва в старинной обители была возобновлена иноческая жизнь.
Сейчас на монастырской земле за крепостными стенами стоят экспонаты музея деревянного зодчества. Здесь можно прокатиться в повозке, запряженной лошадьми, для желающих организуются чаепития у мельницы. Действует Историко-архитектурный и художественный музей "Новый Иерусалим" - находится на крепостной стене.
Как в каждом городе, в Истре есть своя "свадебная" традиция - молодожены приезжают сюда и фотографируются на фоне огромного колокола, который стоит на территории монастыря и звонит в положенные часы. А затем выходят в Гефсиманский сад и повязывают ленточки на ветви куста - для исполнения желаний.